Ciudad del Vaticano, 1995. Un hacker informático irrumpe en el ordenador personal del Papa dejándole un mensaje en el que asegura que la Iglesia de Nuestra Señora de las Lágrimas mata para defenderse. Intrigado, el santo padre ordena que se investigue el asunto. Monseñor Spada (Paul Guilfoyle) asignará la misión a su mejor agente, el sacerdote Quart (Richard Armitage), poseedor de una larga experiencia en los asuntos oscuros de la Santa Sede.

Colombia Magia Salvaje recorre durante 90 minutos la diversidad del país en lugares llenos de contrastes como las profundidades del océano Pacífico en Malpelo, la llegada de las ballenas cada año a la Ensenada de Utría en el Chocó, las huellas de la Ciudad Perdida en la Sierra Nevada de Santa Marta, el vuelo del cóndor en El Cocuy, el valor que reviste el sistema de páramos de las cordilleras, la Serranía de Chiribiquete y sus pinturas rupestres, los Llanos orientales, el Amazonas o las islas de Providencia, entre otros.